Die Frage kann man eigentlich überhaupt nicht "richtig" beantworten. Beides sind Kameras, die jede für sich einfach unglaublich schön, durchdacht und solide sind. Es macht mit beiden Kameras sehr viel Spaß zu fotografieren.
Ansonsten ist die F6 der F3 natürlich in fast jeder Hinsicht technisch überlegen, auch und gerade im Zusammenspiel mit Ai-S-Nikkoren.
Die F6 hat einen gigantisch großen, hellen und übersichtlichen Sucher mit allen wichtigen Anzeigen. Der Suche der F3HP ist auch sehr gut, aber wenn man die Sucher im Vergleich hat, sieht er gegenüber dem der F6 alt aus, insbesondere auch bei Dunkelheit. Die F3 bietet dafür die Möglichkeit, den Sucher auszutauschen - wenn man es braucht. Sie bietet viel mehr verschiedene Sucherscheiben - wenn man es braucht. Wegen des sehr hellen Suchers der F6 sind soviele Sucherscheibenvariationen wie bei der F3 nicht mehr nötig.
Die F6 ist unglaublich belichtungssicher bei Verwendung der Matrixmessung, auch mit Ai-S-Nikkoren. Die F3 ist hat bekanntlich eine sehr mittenbetonte Messung, deren Verwendung man üben muß, mit der man aber - Übung vorausgesetzt - ebenfalls zu sehr guten Ergebnissen kommt.
Die F6 hat einen eingebauten Motor. Wenn man einen Motor braucht, geht es bei der F3 nur mit dem dicken Klotz MD-4, bei der F6 auch ohne MB-40. Die F6 kann also mit Motor kompakter sein - Nachteil ist dann allerdings, dass man 2 Lithium-Batterien verwenden muß und AA-Akkus nur inden MB-40 passen. Wenn man den MB-40 ansetzt, sind beide Kameras etwa gleich klobig, die F6 aber ergonomischer und mit dem weiteren Vorteil versehen, dass man zur Spannungsversorgung den Akku Nikon EN-EL4a aus der D2H/D2X/D3-Serie ansetzen kann. Die F3 ohne Motor ist kompakter als die F6 ohne MB-40.
Die F6 hat AF - wenn man es braucht - die F3 nicht.
Die F6 hat das perfekte Blitzsystem. Es funktionieren alle alten Nikon TTL-Blitzgeräte, aber auch die iTTL-Blitztechnik einschließlich kabelloser Multiflash-Technik, das beste System derzeit überhaupt auf dem Markt. Die F6 ist die einzige Nikon-Kamera, die sowohl alle Funktionen des alten analogen Blitzsystems, also auch die des neuen digitalen Blitzsystems perfekt nutzen kann. Für die F3 gibt es wenige unmittelbar passende Geräte, alte Nikon TTL-Blitzgeräte können mit Adapter mehr oder weniger (kommt auf den Adapter an) sinnvoll adaptiert werden, iTTL funktioniert nicht.
Eine F3HP bekommt man heute gebraucht zu einem Bruchteil dessen, was die F6 kostet.
Wenn man die beste Analog-Kamera haben möchte, die Nikon je gebaut hat, dann ist die F6 ganz klarer Sieger.
Mein Tip wäre: Kaufe Sie Dir beide, und außerdem eine F4, eine F2, eine F und eine F5. Welche man auch in der Hand hat - man ist begeistert! (Die F3 und die F6 lösen allerdings bei mir die höchsten Glücksgefühle aus, wenn ich sie in der Hand habe.)