Moin,
ich habe auch das 24-70 und der Fokus sitzt in allen Stellungen perfekt. Deine Beobachtung muss was mit dem ausfahrenden Tubus zu tun haben, der ja nur bei 50mm wirklich eingefahren ist. Ggf. doch noch einmal ein anderes probieren. Hast Du mal verschiedene Abstände und probiert?
Notfalls musst Du das Objektiv korrigieren wie schon probiert und bei 50mm die AF-Justage abschalten. Aber ärgerlich ist es schon und ich würde hier auch beim Nikon-Service nicht locker lassen.
Ansonsten habe ich solche Probleme nur bei sehr lichtstarken Objektiven wie dem
Sigma 30/1.4 und dem Nikkor 50/1.8 bei Offenblende und das auch nur im Nahbereich.
Bei Makroaufnahmen nutze ich auf dem Stativ eh meist nur manuelle Fokussierung und Liveview.