Von der Einstellung her kannst Du nur den AF ein- und ausschalten, wenn sich die Objektive bewegen, ist AF eingeschaltet.
Wenn ein AF-Objektiv ganz durchfährt, heißt das, dass es nirgends einen Fokus findet, das passiert z.b., wenn man die Kamera gegen die Wand hält. Wichtig: im aktuellen Fokusfeld (das im Sucher rot markiert ist) muss etwas mit ausreichendem Kontrast sein!
Ich würde das erst noch mal sorgfältig testen.
Auf den Vergleich mit der D300 verlasse ich mich jetzt nicht - die hat ja mehr Focusmessfelder und dürfte eher was scharf sehen als die D60.
Ein Defekt ist natürlich nicht auszuschließen, aber 100Prozentig ist das für mich noch nicht.
Ach ja: sicherheitshalber vorher noch einen Reset der Kamera (siehe Bedienungsanleitung) durchführen!