Hallo,
die überstrahlten Fenster sehen so aus, weil das HDR-Tool kein Bild in Deiner Belichtungsreihe gefunden hat, bei dem die Fenster korrekt belichtet sind. Du hättest mindestens noch eine Aufnahme benötigt mit 2 EV weniger Licht. Auf diesem Bild wären die Fenster korrekt belichtet, der Bereich um die Fenster herum wäre nicht überstrahlt, der Rest des Bildes wäre (mehr oder weniger) schwarz und genau das hätte das HDR-Tool für das finale HDR-Image ausgewählt.
Bei dem Himmel kann es sein, das einzelne Farbkanäle eher ihren Minimalwert erreicht haben als andere und so Farbstiche entstehen. In einem normalen (fast schwarzem) Bild würde man das nicht sehen, durch das Tonemapping wurden die sehr dunklen durch höhere Werte ersetzt, so dass der Farbstich wieder sichtbar wird. Normalerweise sieht man diesen Effekt eher bei Überstrahlungen: Bei (fast) weißen Wolken laufen einige Kanäle eher in die Sättigung als andere Kanäle, was praktisch einen Farbstich in der Komplementärfarbe bewirkt. Bei Dir ist es wohl ein ähnlicher Effekt - verstärkt durch das Tonemapping.
Ciao
HaPe