hmm ... ich hatte ein ähnliches Problem mal mit der D600 und einem SB 900. War dort eine Frage der Firmware der Kamera.
Probiere mal, den internen Blitz über das Menü auf M (manuell) zu stellen und teste mal, ob es dann zur gleichen Verzögerung kommt. Um die Probleme des Nachladens auszuschließen, kannst Du den Blitz auf eine reduzierte Leistung (z.B. 1/4) stellen, dann sollte er sehr rasch nachgeladen haben.
Wenn es beim Blitzmodus M nicht zu den gleichen Verzögerungen kommt, dann gibt es zwei Möglichkeiten: entweder ist der Blitz falsch eingestellt (rote Augen ...) oder irgendetwas ist nicht in Ordnung. Vielleicht dann die Kamera einfach mal auf Werkseinstellungen zurückstellen, was ebenfalls im Menü geht.