Hallo,
zum Encodieren benutze ich
Avidemux. Multicore-Unterstützung zahlt sich da gut aus. Auch sonst ist das Programm relativ einfach gehalten und leicht zu bedienen.
Bei der Auswahl von Video- und Audiocodec ist natürlich viel Geschmackssache dabei, aber persönlich nutze ich gerne x264+AAC.
Bei den Audioeinstellungen muss man ein bißchen experimentieren, da es ab und zu zu hakelndem Ton kommt, ich glaube ABR statt VBR war da Pflicht - müsste ich noch mal nachschauen.