Über die D40 kann ich nicht viel sagen, da ich keine habe und auch nie hatte.
Was die D90 und die D5000 angeht stand ich im Sommer auch vor der Entscheidung: Welche?
Bei mir ist es die D90 geworden und ich hab die Entscheidung nicht bereut. Sie wurde mir aber auch besonders einfach gemacht, da ich die Kamera mit 18-105 Kit-Linse in Schottland zum selben Preis wie hier die D5000 mit gleichem Objektiv gekauft habe. Die D5000 war zu dem Zeitpunkt da mit dem Objektiv gar nicht zu kriegen. Sonst hätte ich deutlich länger überlegen müssen, ob mir das mehr denn auch das mehr an Geld wert ist.
Im Nachhinein wäre es für mich persönlich ein klares "Ja", aber beim Kauf war ich noch nicht so vertraut mit den Unterschieden.
Es ist aber eine Frage, die jeder für sich beantworten muß.
Von der Bildqualität tun sich die beiden dank gleichem Chip nichts und Live-View sowie Video-Funktion bieten beide (wenn man es denn braucht...). Doch es gibt auch Unterschiede:
Die D5000 bietet ein schwenkbares Display mit mehr AF-Funktionen im Live-View, aber weniger Auflösung im Display als die D90.
Die D5000 hat mehr Motiv-Programme, dafür fehlen Schulterdisplay und zweites Einstellrad.
Die D5000 ist leichter und kompakter, dafür nur ein Penta-Spiegel (dunkler als das Penta-Prisma der D90) und keinen AF-Motor im Body, dadurch gehen nur Objektive mit eingebeutem Motor, bei der D90 funktionieren auch ältere Objektive mit Stangen-AF.
Was man davon wirklich braucht ist eine ganz persönliche Entscheidung. Da gibt es ganz pauschal kein Richitg oder Falsch. Klar bietet die D90 etwas mehr, kostet aber auch dementsprechend mehr.
Wie man schon an den unterschiedlichen Kommentaren sieht ist es auf jeden Fall wichtig die Kameras beide mal in die Hand zu nehmen. Wenn einem die D90 zu schwer ist oder man die zusätzlichen Features nicht braucht ist der Mehrpreis rausgeschmissenes Geld. Andererseits ist einigen die D5000 zu leicht (wieder anderen auch die D90 und sie setzen noch einen Batteriegriff dran oder holen sich lieber die D300). Manchem reichen zwar z.Z. die Features der D5000 völlig, denken aber für ihre fotografische Entwicklung ist das mehr der D90 sinnvoll, dann wäre es kurzsichtig die D5000 zu wählen und bald wieder für sich an die Grenzen zu stoßen (wobei das auch immer subjektiv ist).
Grundlegend falsch macht man es mit keiner Nikon DSLR. Selbst die D3000 ist in ihrer Klasse eine tolle Kamera. D5000, D90, D300s bieten bei ähnlicher Bildqualität für jeden Geschmack und Geldbeutel die passende Wahl.