Einen Qualitätsverlust hast Du da immer. Ich würde das NEF/RAW auf jeden Fall (als digitales Negativ) aufheben, und das jpg unter anderer Bezeichnung abspeichern. Denn rückgängig kannst Du die Sache nie wieder machen...
ich fotografiere eigendlich nur bei besonderen Gelegenheiten (Urlaub/Feiern etc.) im *.nef -Format und wandle diese dann mit Capture NX in *.jpg Bilder um.
Die Option der D40: Nef + Jpg (mit JPG in mittlerer Qualität) reicht mir nicht aus.
Die NEF-Fotos werden dann archiviert, doch leider ist der Speicherbedarf auf der Festplatte für einige hundert/ bzw.tausend Nef-Fotos + JPG nicht zu verachten.
Deshalb mache ich Gelegenheitsfotos oft im JPG-Format in höchster Qualität.