Hallo,
ich würde das Programm komplett deinstallieren und dann nochmals neu einspielen.
Es kann auch nicht schaden den Rechner (CPU/Speicher) einmal auf Instabilitäten zu testen, (z.B. mit OCCT) und einen Blick auf die beteiligten Festplatten zu haben (SMART Werte prüfen).
APG 3.0.7 ist ein hervorragend zuverlässig laufende version. Ich verarbeite damit Panoramen von im Durchschnitt 700MPix und 4GPix - ca. 37000px Breite und ca. 84000px Breite. http://www.360impressions.de/KBogen413/
Generell aber ist AutoPano im Anfang etwas schwer zu durchschauen - und es ist sehr hardware-hungrig.
Beschreibst Du bitte mal Deine Hardware, was für Eingabe-Bilder und die Art/Größe der Panos, die Du verarbeiten willst?